Omwille van de stijging van het Leiepeil onderging de binnenstad diverse ophogingen. Ook de Sint-Niklaaskerk bleef hiervan niet gespaard. Voor de aanpassing van het vloerniveau (1662) werd gebruik gemaakt van het puin van vergane bouwonderdelen. Het lag voor de hand dat uitgerekend deze uitvullingslaag een schat aan archeologica bevatte, zodat voor de wetenschappers de verleiding al te groot was om ze systematisch af te graven tot op het gotisch vloerpeil. Aldus wist men niet alleen de verbrede basissen van de bundelpijlers vrij te leggen, ook en vooral kon archeologisch materiaal van vroegere bouwfases opgedolven worden. En er werd heel wat gevonden, onder meer een aantal gemetselde graven met polychrome versiering. Het enthousiasme rond het vrijgelegde middeleeuwse vloerpeil was zo groot, dat men tijdens de werken aan het koor en op uitdrukkelijk aandringen van de Koninklijke Commissie voor Monumenten en Landschappen besliste om deze situatie te bestendigen.

"Teneinde zich rekenschap te kunnen geven van de binnenarchitectuur zou ik desnoods kunnen aanvaarden dat in de kruisbeuk noord één zijkapel en een vak van de middenbeuk in oorspronkelijke staat wordt hersteld", zo luidde zijn advies. De provinciale sectie en de Centrale Koninklijke Commissie zorgden in die periode voor een stevig pingpongspel, waarvan de degraderende kerk alleszins niet beter van werd.  Uiteindelijk werd er gekozen voor een archeologische restauratie van de middeleeuwse kerk, waarbij men na verwijdering van de complete barokke binnenaankleding de 14de-eeuwse situatie (toen al een conglomeraat van opeenvolgende bouwcampagnes) in haar ruwbouwvorm presenteerde. De bezoekers van de kerk kunnen het vandaag, op enkele uitzonderingen na, goed stellen met deze werkwijze. Roepen deze ruwe stenen immers niet de tot inkeer stemmende oervorm van het primitieve bedehuis op? Loopt de miskenning van alle barokke opsmuk niet parallel met de schoorvoetende vernieuwingen sinds het jongste Vaticaans Concilie en de drang naar meer sobere ingetogenheid tegenover de vroegere praalzucht ?

Maar er is meer. Door het aanbieden van een situatie - al heeft ze zich historisch nooit voorgedaan - krijgt het gerestaureerde kerkkoor een aparte herkenningswaarde: men raakt gehecht aan deze aankleding, alleen al omdat ze nergens haar gelijke heeft. In brede kring reeds is de sereniteit van deze devotieruimte geprezen tegenover de commerciële drukdoenerij op en rond de Korenmarkt; tussen deze van ornament verloste muren kan men de deur van het drukke stadsgewoel even achter zich sluiten...

Maar welk een dualiteit dan weer! De barokke altaren en het dito kerkmeubilair, de schilderijen, lambriseringen, lezenaars en kandelabers, die ooit het katholiek réveil hebben belichaamd en thans hoopvol uitzien naar een restauratiebeurt, kunnen deze ingetogenheid alleen maar hypothekeren. Bij mondjesmaat keren ze terug uit ballingschap, doch ze voelen zich eerder verstoten dan gewenst in hun nieuwe omgeving. Gladnaakte marmeren lambris en epitafen, barokke portiekaltaren en sierlijk uitgewerkte registers worden verweesd geprojecteerd op een bruut parement en op een niveau waarop ze nooit hebben gestaan. Hierdoor raken gewilde proporties en lichteffecten zoek. Het paswerk van koorafsluitingen en communiebanken vindt niet langer aansluiting bij de bredere zuilbasissen. Van de zo geprezen integratie der plastische kunsten, waarbij architectuur, schilder- en beeldhouwkunst, decoratie- en sierkunst onlosmakelijk in stijlverband in elkaar overvloeiden, blijft niet veel meer over.