Construit pendant la seconde campagne de construction, c’est-à-dire dans les deuxième et troisième quarts du 13ième siècle, il témoigne d’une architecture fort évoluée si on le compare à la nef. Ses lignes sont plus gracieuses, ses murs plus évidés, et le verticalisme est plus prononcé. Cette construction fragile, érigée sur un sol instable avec des fondations insuffisantes allait être rapidement sujette au fissurement et affaissement des façades et des tourelles d’angle. En 1950 on était obligé de poser un échafaudage pour étayer le transept sud. Les façades et les tourelles d’angle devaient être pourvues de nouvelles fondations. Sous chaque façade on perça 32 pieux d’un diamètre de 45 cm. Cependant on a mis à découvert des témoins de l’état primitif dans l’angle formé par le bas-coté nord, le croisillon nord et la tour.Il s’agit des piliers de la croisée, à l’origine beaucoup plus légers, ainsi que l’arc de la tribune et le triforium tels qu’ils étaient avant les transformations.

Au cours de la restauration du transept, il fallait tenir compte d’un problème qui allait encore se poser par la suite. Placée en délit, la pierre de Tournai risque d’éclater à cause de sa structure stratifiée, ce qui la rend inefficace.

Ce n’est que récemment, pour la restauration de la nef, qu’on s’est efforcé de garder quand-même la pièce originelle, en complétant les lacunes avec du mortier de réparation ou avec des morceaux de pierre insérés. Pour le tran-sept, et plus tard pour le choeur, on a donc opté pour une restauration archéologique. A ce sujet, les recherches du prof. De Smidt avaient d’ailleurs fourni de nombreuses données.

La restauration du transept comprenait principalement la démolition des toitures, des façades principales et des tourelles d’angle délabrées et de quatre maisons adossées au bas-côté nord, la consolidation des façades latérales et l’étayage des voûtes, la pose des fondations, la reconstruction des façades, des tourelles d’angle et de la toiture, la restauration des voûtes et des façades latérales, l’achèvement et le décor intérieur. La restauration du transept fut achevée le 29 septembre 1973.