Le choeur à trois nefs et à chevet plat fut également construit au cours de la deuxième campagne dans les second et troisième quarts du 13ième siècle.

A ce moment , l’église a atteint son accomplissement et est une perle du gothique scaldéen. Au cours du 14ième siècle cependant, le choeur fut agrandi de deux travées, de chapelles latérales et de chapelles rayonnantes. L’achèvement des parties hautes, exécuté au 15ième siècle en grès lédien,obligeait les restaurateurs à employer ce matériau divergent. L’adjonction des chapelles et le rehaussement ultérieur des toits latéraux en 1672 ne profitèrent guère à l’ensemble harmonieux de l’église.

A son tour l’intérieur fut mutilé par les iconoclastes en 1566 et en 1578-1584, ensuite refait en style baroque aux 17ième et 18ième siècle. On enduisait les parois après avoir obturé le triforium. Le choeur avait totalement changé d’aspect.

.

La restauration du choeur comprenait surtout les éléments suivants: la démolition des toits latéraux rehaussés qui masquaient partiellement les triplets du clair-étage; la réparation de la toiture, des fenêtres hautes et des colonnes; la restauration des façades et du triforium; le rétablissement des toitures des chapelles rayonnantes et des menaux des grandes fenêtres, l’installation du chauffage dans le sol et du dallage dans le choeur. La restauration du choeur fut achevée le 10 novembre 1986.

Il convient de mentionner qu’au cours des travaux, de superbes peintures voûtales furent découvertes dans de la chapelle axiale, occupée jadis par la confrérie des maçons.

Elles datent du 15ième, fin du 16ième et de la seconde moitié du 18ième siècle. Elles ont été restaurées. Les baldaquins des colonnes, du milieu du 13ième siècle, ont été reconstitués grâce à la découverte de certains fragments. Dans le remblai du mur on a trouvé des consoles sculptées de fausses gargouilles du troisième quart du 13ième siècle. Les caveaux peints se trouvant sous le dallage du choeur ont été conservées in situ.
L’institut Saint-Luc restaure deux vitraux en plomb de Capronnier datant du 19ième siècle.