Wegen des Anstiegs des Leiepegels wurde die Innenstadt wiederholt erhöht. Auch der Sankt-Nikolaus-Kirche wurde dies nicht erspart. Um das Bodenniveau anzugleichen (1662) wurde Bauschutt von früheren Bauteilen verwend.  Es war naheliegend, daß ausgerechnet diese Füllschicht einen Schatz an Archäologika enthielt, so daß für die Wissenschaftler die Versuchung, um diese systematisch auszugraben bis zum gotischen Fußbodenniveau, allzu groß war. Somit wurden nicht nur die verbreiterten Sockel der Bündelpfeiler freigelegt, sondern konnte auch archäologisches Material von früheren Bauabschnitten freigelegt werden. Es wurde eine ganze Menge gefunden und unter anderem auch eine Reihe gemauerter Gräber mit polychromer Verzierung.

Hiermit wurde die seit Anfang des Jahrhunderts geführte Diskussion beendet.

Am 1. Mai 1907 hatte der Vorsitzende des Königlichen Ausschusses darum gebeten, das Bodenniveau mit 1,30 cm und das des Kirchenschiffes mit 85 cm abzusenken;

Er befürwortete einen erhaltenden Ansatz, wobei sowohl die Verkleidung, das Mobiliar sowie das Westportal erhalten bleiben sollten. "Damit man sich von der Innen-architektur ein Bild machen kann, wäre ich nötigenfalls damit einverstanden, daß im nördlichen Seitenschiff eine Seitenkapelle sowie eine Fläche des Mittelschiffes in ihrem ursprünglichen Zustand wiederhergestellt werden", lautete seine Empfehlung. Die Provinzabteilung und der zentrale Königliche Ausschuß trieben zu der Zeit ein intensives Katz-und-Maus-Spiel, das für die im Verfall begriffene Kirche allerdings nicht sehr hilfreich war.

Schließlich entschied man sich für eine Restaurierung der mittelalterlichen Kirche, wobei man nach der Entfernung der kompletten barocken Innenverkleidung, wie sie im 14. Jahrhundert war (zu dem Zeitpunkt bereits ein Konglo-merat von aufeinanderfolgenden Bauabschnitten), die Kirche in ihrer Rohbauform präsentierte.

Die Kirchenbesucher können heute mit einigen Aus-nahmen mit dieser Arbeitsweise gut leben. Wecken die Rohsteine nicht die zur Einkehr auffordernde Urform des Gebetshauses? Läuft die Verleugnung aller barocken Verzierungen nicht parallel mit der zögernden Erneu -erung seit dem jüngsten vatikanischen Konzil und dem Drang nach mehr Schlichtheit gegenüber der früheren Prunksucht?  Es gibt jedoch mehr. Durch das Anbieten eines Zustandes - auch wenn sich dieser historisch nie ereignet hat - erhält das restaurierte Kirchenchor einen gesonderten Erkennungswert: Man fühlt sich mit dieser Aussicht verbunden, allein schon weil es sie sonst nirgendwo gibt. Allgemein wird die Serenität dieses frommen Raumes gegenüber der geschäftlichen Hektik um den Kornmarkt gepriesen; zwischen diesen, von Verzierungen befreiten Mauern kann man die Tür des regen Stadtlebens eben hinter sich schließen...

Aber was für eine Dualität! Die Barockaltäre und das barocke Kirchenmobiliar, die Gemälde, die Vertäfelungen, die Lesepulte, die Armleuchter, die je die katholische Erweckungsbewegung beseelt haben und jetzt hoff-nungsvoll nach einer Restaurierung aussehen, können diese Enthaltsamkeit lediglich belasten. Mit kleinen Schritten kehren sie aus der Verbannung zurück und fühlen sich in ihrer neuen Umgebung eher verstoßen als gewünscht.

Glattpolierte Marmortäfelungen sowie Epitaphe, barocke Nischenaltäre und zierlich ausgearbeitete Register werden verwaist auf ein rauhes Posament sowie auf eine Ebene, auf der sie sich nie befunden haben, projiziert.

Gewollte Proportionen und Lichteffekte gehen dadurch verloren. Die Verzierungen der Chorabschlüsse und Kommunionsbänke paßten nicht mehr zu den breiteren Säulensockeln. Von der so gepriesenen Integration der plastischen Künste, wobei Architektur, Malerei, Bild-hauerei, Dekoration- und Verzierungskunst im Stil unlöslich ineinanderflossen, blieb nicht mehr viel übrig.