Der Verfall der Außenwand war offensichtlich und verschiedene Noteingriffe, um den Zerfall aufzuhalten, wurden vorgenommen. So wurden 1640 fünf Wohn-häuser an die Nordseite der Kirche gebaut. Auch der Zustand des Turmes wurde fortdauernd schlimmer.
Meister Pieter de Waele baute den Turmrumpf gründlich um. Auch die Stützpfeiler des Turmes wurden verstärkt. Die hohe schlanke Turmspitze riß während eines Sturmes am 1. Oktober 1673.
Die Turmspitze wurde abgerissen und durch ein stumpfes Dach ersetzt, wodurch ihr Aussehen, das auch bei der Restaurierung beibehalten wurde, sich gründlich veränderte. Was die Innenarbeiten betrifft, wurde 1658 der Laternenturm mit einem Gewölbe geschlossen und wurden die Gewölbe des südlichen Seitenschiffes abgerissen und neugebaut.
Auch aufsteigendes Grundwasser sorgte für elende Zustände in der Kirche. Das Grundwasser war in dem benachbarten Stadtteil durch fortdauernde Bautätig-keiten gestiegen und ab 1662 fing man an, den Boden der Unterkirche und des Chores zu erhöhen.
Der Boden der Unterkirche wurde zum Beispiel bis gerade über die mit Profilen versehenen Sockel der Bündelpfeiler erhöht.