Bei der Restaurierung des Chores wur­den auch die Optionen für die Restaurie­rung der Unterkirche festgelegt. Die Option für einen ausgesprochen archäo­logischen Ansatz, wobei die Kirche auf ihr mittelalterliches Erscheinungsbild zurückgebracht wird, erfordert eine konsequente Haltung. Obgleich man auch heute eher zu einem erhalten­den Ansatz tendiert, wird man, was das Kirchenschiff betrifft, notwendigerweise die Auffassungen der 60er Jahre fort­setzen müssen.

Diese kleinen Häuser bilden die einzige Reminiszenz an die Zeit, wo die Kirche voll­ständig zwi­schen Privatwohnungen eingemauert war. Ausgehend von dem Plan des Ingenieurs Eduard Zollikofer und des Architekten Edmond de Vigne, Freigelegte Spuren Triforium Kirchen­schiff.  Der Plan Zollikofer de Vigne der einen breiten Verbindungsweg zwischen dem Südbahnhof und dem Stadtkern (1882 - 1888) vorsah, wur­den die drei Türme von ihren parasitä­ren Anbauten befreit. Dieser flankie­rende Boulevard erhielt 1912 auf Anre­gung des Premierministers Paul de Smet de Naeyer - der selber Genter war - noch einen Ausläufer durch den Bau einer monumentalen Bogenbrücke über die Leie: dadurch entstand vom Sankt-Michiels-Hügel eine einmalige Aussicht auf die Türmenreihe. Die Stadtarchitek­ten der Jahrhun­dertwende haben nie gedacht, daß die städtebauliche Isolie­rung der drei Türme ab den 60er Jahren durch den zunehmenden Verkehrsdruck zu verwaisten Verkehrsinseln herunter­kommen würden. Im Rahmen der Stadt­kernerneuerung versucht man nun, diese Denkmäler innerhalb verkehrs­freier Zonen den Fußgängern zurück­zugeben.

Da die Dachfirste der kleinen Häuser entlang Klein Türkei über die restaurier­ten Fensterrahmen hinausragen werden, müssen die Dächer derartig rekonstru­iert werden, daß der Lichteinfall in der Kirche an dieser Nordseite gewährleistet ist.

Genau wie im Chor wird die dicke Putz­schicht aus den Jahren 1750, als auch der Fußboden erhöht wurde, ent­fernt. Diese Putzschicht diente ca. 2 1/2 Jahrhunderte als Tarnschicht: Sie ver­wischte die Spuren des baulichen Ver­falls, verdeckte die aus Standsicher­heitsgründen zugemauerten Oberlichter und Triforium und nicht zuletzt auch die breiten Risse und baulichen Verkrüppe­lungen. Gleichzeitig war es eine preis­werte Möglichkeit, den neuen Geist, der unter dem Einfluß der Gegenreformation durch die Kirchen Flanders wehte, materiell umzusetzen. Die neue Archi­tekturvision war die des Barocks und auch vorhandene Kirchengebäude muß­ten mit beschränkten finanziellen Mit­teln darauf abgestimmt werden.  Dies erfolgte an der Außenseite der Sankt-Nikolaus-Kirche durch zwei - mittlerweile abgerissene - Eingangs­portale des Querschiffes und das monu­mentale Westportal. 

Die Akte für die Restaurierung der Unterkirche mußte aus Haushaltsgrün­den in sechs Abschnitte aufgeteilt wer­den. Es war undenkbar, den Gesamt­betrag in einem Haus­haltsjahr festzule­gen, da sonst die verfügbaren Stadt- und Kirchenkredite der ver­schiedenen Genter Pfarreien fast vollständig in dieses eine Projekt geflossen wären. In einem ersten Abschnitt wurde die Dach­stuhlkonstruktion und die Dachabdich­tung des Mittelschiffes durchgeführt. Der zweite und dritte Abschnitt umfaß­ten die Restaurie­rung der Oberlichter und Triforia der jeweiligen Süd- und Nordseite. Im vierten und fünften Abschnitt wurden die südlichen und nördlichen Seitenschiffe in Angriff genom­men. Für den sechsten Abschnitt war die Restaurierung des Westportals vorgesehen sowie die Rekonstruktion des Doxals und die Innenarbeiten.