Um 1225 wurde das Gelände für die zweite Baustufe geräumt. Mittlerweile hatten sich die Architekturformen und auch die Finanzmittel der Pfarrei derma­ßen entwickelt, daß man von dem ursprünglichen Plan abwich, um einen noch größeren Plan zu fassen. Lediglich die Verlängerung des Kirchenschiffes entsprach dem bereits fertiggestellten Teil, sei es dann auch mit verjüngten Details.

Die Verkleidung des Kircheninneren war ganz anders als heute. Die Bewohner des Mittelalters sahen die Welt durch die Augen Gottes und wollten die Roh­baustoffe, mit denen Pfeiler, Wände und Gewölbe hergestellt waren, ent­materialisieren durch eine polychrome Verarbeitung. Auch das einströmende Tageslicht wurde ursprünglich durch farbige und illustrierte Glasfenster trans­figuriert mit einem übernatürlichen Lichtschein. Ungefähr so, wie die Sub­stanz der Opfergaben bei der Euchari­stie verwandelt wird. Der übersinnliche Charakter des neuen Gebetsraumes gipfelte in dem gewaltigen Mittel­turm. Es war ein alter einheimischer Brauch, die ordnenden Kräfte des Kreuzes in den Kirchenarmen mit einer Höhen­dimension zu bereichern, aber hier öffnete sich der Raum in der Kreuzkir­che in eine göttlich leuchtende Laterne. An dieser Stelle war das Leben für den Gläubigen keine ziellose Irrfahrt mehr, sondern eine zielgerichtete Suche nach dem Licht, das in die Welt hinein­kommt.

Über dem astralen Gewölbe des Turmes befand sich ein offener Glockenraum, in dem die Stadtwärter und die Stadt­glocken untergebracht wurden, bevor man in Gent an einen eigenen Stadtbell­fried dachte. Der Kampanile von Sankt Nikolaus, mit ursprünglich hoch heraus­ragender Nadel, bildete somit nicht nur für die Pfarrei einen Hafen symbo­lischer Geborgenheit und Gnade, sondern für die ganze Gemeinde ein Zeichen von Freiheit und Sicherheit. Bei der Erneue­rung der Galerie in 1405 wurden in allen Richtun­gen Brustbilder, die mit weit geöffneten Augen über die Stadt wachen sollten, aufge­stellt. Natürlich wurde die wirkliche Arbeit von Männern aus Fleisch und Blut verrichtet, aber die Einwohner des Mittelalters sahen das nicht so. Sie fanden ein Sinnbild immer stärker als eine einfache Tatsache.

Von unerreichter reiner Schönheit ist die Komposition der Querschiff- und Turmgiebel, bei denen Gruppen von zwei oder drei Lichtöffnungen oder Doppelwandsystemen, einmal im Innen­blatt und dann wieder im Außenblatt, angebracht sind, was zu einem subtilen Spiel von inneren und äußeren Laufgän­gen und suggestiven Schattenzonen führt. All diese Giebel werden flankiert von Ecktürmen, welche die aufeinander­folgen­den Gliederungen zusammen­binden und mit ihren, über die gesamte Höhe durch­laufenden Diensten den senkrechten Eindruck verstärken. Durch dieses Mittelteil wurde die Genter Sankt-Nikolaus-Kirche zweifelsohne zum vornehmsten Erzeugnis der Scheldegotik, deren leichter und klarer Aufbau weiter durch Skulpturdetails ver­feinert wurde.