Während die Altäre ursprünglich den Wohlstand des mittelalterlichen Patriarchats beseelten, entwickelten sie sich nach den Religionskriegen zu Einrichtungen örtlicher Handwerks- und Handelsinnungen. Diese schmückten die Altäre einen nach dem anderen entsprechend ihrer Gottesfurcht, aber insbesondere entsprechend ihrem Vermögen. Mit der gleichen Prunksucht, wie ihre Zunft-häuser im Stadtkern, suchten sie in diesem Gebetshaus ein geachtetes Standquartier.
Im Hinblick auf die Restaurierung des Chores wurde eine erste Reihe Altäre zerlegt und im Kirchenschiff, das als Steinmetzatelier fungierte, gelagert.
Je nachdem wie Finanzmittel verfügbar wurden, hielten diese Altäre nach einer Vorprüfung und Restaurierung einer nach dem anderen ihren Einzug in die Kirche; da die Zulagen für die Innenrestaurierung begrenzt sind, mußte der eingetragene Verein "Die Freunde der Sankt-Nikolaus-Kirche" oft Privatunternehmen als Sponsoren gewinnen.
Manchmal finden heutige Vereine noch ihre Wurzeln in den historischen Brüderschaften oder Reederkammern und greifen somit den Faden zu ihrer Entstehungs-geschichte auf.

Um die Restaurierung des Unterschiffes zu ermöglichen, mußten alle Altäre in einen Lager außerhalb der Kirche umziehen. Dies bietet nicht nur die Möglichkeit einer gründlichen Untersuchung, sondern auch den erforder-lichen vorbeugenden Schutz und verhindert vor allem Beschädigungen während der Kirchenrestaurierung. Die vielen Kleinmöbel, Pulte, Kerzenständer, Beichtstühle, Namenkataloge, Bilder und Kerzenleuchter, die die Verkleidung der Altäre bildeten, wurden in Erwartung ihrer Integrierung in ähnlicher Weise aufbewahrt.