Als Folge der französischen Revolution wurden alle Kirchen in Gent geschlossen. Die Stadtverwaltung machte sogar den Vorschlag, in der Sankt-Nikolaus-Kirche ein Getreidelager unterzubringen. Soweit kam es schlieb-lich nicht. 1800 wurden die Türen erneut für den Gottes-dienst geöffnet. Die Kirche befand sich in einem jämmerlichen Zustand. Während der Revolution wurde vieles gestohlen, wie Mobiliarelemente, Skulpturen, das Doxale, Kapellenabschlüsse, Beleuchtungsarmaturen.

Der Stadtarchitekt Pierre Jean De Broe baute 1822 ein neues Doxale; 1856 wurde es durch ein neogotisches Exemplar ersetzt. Es wurden eine Reihe neuer schmiedeeisener Kapellengitter in jungem neogotischen Stil, zusammen mit monumentalen Beleuchtungsarmaturen
und Chormobiliar in

Louis-Philippe-Stil, angeschafft. Einer der bedeutendsten belgischen Glaser aus der 1. Hälfte des 19. Jahrhunderts, Jean-Baptiste Capronnier, schuf zwei außerordentlich reich verzierte Glasfenster.

Die ersten Spuren historischen Interesses für die Sankt-Nikolaus-Kirche als Gebäude datieren aus 1840.
Der städtische Ausschuß für Denkmäler und Stadt-geschichte bat Jules de Saint-Genois und Auguste van Lokeren, ein Gutachten über den Zustand der Kirche zu erstellen. Richtig kümmern um die Kirche tat man sich erst in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts unter dem Einfluß der neogotischen Restaurierungs-architekten. Kennzeichnend für diesen Zeitraum ist, daß man sich damals weniger befaßte mit der sehr reichen, sehr variierten und überwiegend aus dem 17., dem 18. und dem 19. Jahrhundert stammenden Dekoration der Kirche. Die Restaurierungsgeschichte zeigt, daß diese historische, sehr wertvolle Dekoration in den letzten Jahren neben dem Bauaspekt mehr und mehr Aufmerksamkeit genießt.